Les déchets de mercure métallique font l'objet de règles spécifiques en raison de leur dangerosité. Seuls peuvent être admis en installation de stockage de déchets dangereux (ISDD) les déchets dont la teneur en mercure est supérieure à 99,9 % en poids et qui ne contiennent pas d'impuretés susceptibles de corroder le carbone ou l'acier inoxydable.
Ces déchets doivent être conditionnés dans des conteneurs résistants à la corrosion et aux chocs, étanches aux gaz et aux liquides, répondant aux exigences techniques prévues par la réglementation. Afin de prévenir tout risque de fuite lié à la dilatation du mercure, les conteneurs ne peuvent être remplis à plus de 80 % de leur capacité. Ils doivent également être identifiés de manière durable et être accompagnés d'un certificat établi conformément aux prescriptions réglementaires.
Avant leur admission, les conteneurs font l'objet d'une inspection visuelle. Les conteneurs endommagés, corrodés ou présentant des fuites ne sont pas admis au stockage.
Enfin, les déchets de mercure métallique doivent être stockés séparément des autres déchets et ne peuvent être conservés dans l'installation pendant une durée supérieure à cinq ans.